Справившись с Боузером и вернув спокойствие в Бруклин, Марио думал, что трудности позади. Но покой оказался недолгим. Коварный союз Варио и Боузера-младшего задумал недоброе. Их цель — подчинить себе весь мир, и они уже начали действовать.
Марио не одинок. Верные друзья снова рядом, готовые помочь. К ним присоединился весёлый и отважный Йоши. Вместе им предстоит нелёгкая задача: остановить захватчиков, разрушить их злые планы и защитить свой дом от новой угрозы.